วัดป่าแดงสถาปนาขึ้นเมื่อ พ.ศ. 1974 โดยพระเจ้าติโลกราช[2] กษัตริย์แห่งราชวงศ์มังรายเพื่อเป็นที่พำนักของพระญาณคัมภีร์และคณะสงฆ์ที่เดินทางกลับมาจากลังกา[3]เพื่อเผยแผ่ลัทธินิกายลังกาวงค์ใหม่หรือนิกายสิงหลในขณะนั้นพระญาณคัมภีร์ได้อัญเชิญพระไตรปิฏก พระพุทธรูป และต้นโพธิ์มาไว้ในวัดแห่งนี้ ในสมัยพระเจ้าติโลกราชพระองค์ทรงเลื่อมใสและทำนุบำรุงพุทธศาสนานิกายลังกาวงศ์ใหม่อีกทั้งทรงผนวชที่วัดป่าแดงมหาวิหาร การสนับสนุนคณะสงฆ์นิกายสีหลทำให้พุทธศาสนานิกายลังกาวงศ์ใหม่เจริญรุ่งเรืองเป็นอย่างมากเป็นที่เลื่อมใสของผู้คน วัดป่าแดงจึงเป็นศูนย์กลางทางพุทธศาสนาสายลังกาวงศ์ใหม่ พระเจ้าติโลกราชได้ถวายพระเพลิงพระศพพระราชบิดาและพระราชมารดาที่วัดแห่งนี้ทั้งยังได้สร้างเจดีย์บรรจุพระบรมอัฐิพระราชบิดาและพระรามารดาซึ่งยังคงมีหลักฐานหลงเหลือมาจนถึงปัจจุบัน

พุทธศาสนาลัทธิลังกาวงศ์ใหม่[3]หรือนิกายสีหล เป็นพุทธศาสนานิกายใหม่ที่เข้ามาเผยแผ่ในล้านนาโดยมีพระญาณคัมภีร์เป็นผู้นำในการเผยแผ่ นำเข้ามาในเชียงใหม่ในสมัยพญาสามฝั่งแกน(พ.ศ. 1973) สาเหตุที่ทำให้พระญาณคัมภีร์ตั้งนิกายลังกาวงศ์ใหม่ขึ้นเนื่องจาก การเผยแผ่ลัทธิลังกาวงศ์เก่าของพระสุมนเถระซึ่งทำให้เกิดการตื่นตัวทางพุทธศาสนาอย่างกว้างขวางนำไปสู่แนวความคิดที่ต้องการพุทธศาสนาที่บริสุทธิ์ถูกต้องตามพระธรรมวินัย พระญาณคัมภีร์และคณะจึงเดินทางไปศึกษาและอุปสมบทที่ลังกาโดยตรง จึงเดินทางกลับมาเผยแผ่หลักการและแนวปฏิบัติใหม่ออกไปอย่างกว้างขวางจนเกิดความขัดแย้งและแตกแยกกับนิกายลังกาวงศ์เก่าหรือนิกายรามัญ (วัดสวนดอก) คณะสงฆ์ฝ่ายป่าแดงกล่าวหาสงฆ์ฝ่ายสวนดอกว่าไม่เป็นภิกษุเพราะไม่ปฏิบัติตามพระธรรมวินัยอย่างเคร่งครัดในสมัยพญาสามฝั่งแกน(พ.ศ. 1945-1984) จึงโปรดให้จัดเวทีโต้แย้งกันจนในที่สุดสงฆ์ฝ่ายป่าแดงชนะ หลังจากนั้นพระสงฆ์ทั้งสองนิกายยังเกิดการทะเลาะวิวาทกันอยู่บ่อยครั้งพญาสามฝั่งแกนจึงโปรดให้สงฆ์ฝ่ายป่าแดงออกจากเชียงใหม่ใน พ.ศ. 1977 ทำให้นิกายปาแดงไปเจริญรุ่งเรืองที่ เชียงราย เชียงแสน พะเยา ลำปาง เชียงตุง[2]จนกระทั่งสมัยพระเจ้าติโลกราช(พ.ศ. 1984-2030) ทรงเลื่อมใสในนิกายวัดป่าแดงจึงทรงอุปถัมภ์จนนิกายวัดป่าแดงกลับมารุ่งเรืองอีกครั้ง